Dalam rangka meningkatkan pembinaan dan standarisasi kemampuan tempur pasukan Marinir, berdasarkan Surat Panglima Tentara Nasional Indonesia Nomor : R/22/081601 RSU tanggal 23 Januari 2001, keputusan Kepala Staf Angkatan Laut Nomor Skep : 08/III/2001 tentang likuidasi Brigif 1, Menbanpur, dan Menbanmin maka dibentuklah Pasmar 1 pada tanggal 22 Maret 2001 dan berdasarkan keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor : 12 tahun 2018 Pasal 7 ayat 2 tentang pembentukan Pasmar 3 maka dibentuklah Pasmar 3, Pasmar 2 berubah menjadi Pasmar 1, dan Pasmar 1 berubah menjadi Pasmar 2.

Pasmar 2 dengan semboyan Raksa Nusantara Cakti yang diambil dari bahasa sansekerta, secara singkat dapat di artikan sebagai Pelindung Nusantara yang Sakti, agar tertanam dalam diri setiap prajurit Pasmar 2 sebagai Pelindung Nusantara yang Sakti.

Markas Komando Pasmar 2 pada awal berdirinya menempati gedung Kali Bening Ksatrian Usman Jalan Opak Nomer 09 Kota Surabaya, dan sejak bulan Agustus 2007 hingga sekarang beralamatkan di Jalan Ahmad Yani Nomer 1A Gedangan Sidoarjo.